Técnicas Moleculares

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5 de abril de 2020

Seleção de marcadores - LabGeM

Alguns trabalhos do LabGeM relacionados à seleção de marcadores moleculares para estudos de diversidade genética.

NEVES, A. G. S.; CHAGAS, K. P. T.; SALES, R. P.; COSTA, M. P.; FAJARDO, C. G.; VIEIRA, F. A. Seleção de iniciadores moleculares ISSR para estudos de variabilidade genética da Syagrus cearensis Noblick. Agropecuária Científica no Semiárido, v. 15, p. 228-231, 2019. => PDF

ARAÚJO, F.S.; PACHECO, M.P.; VIEIRA, F.A.; FERRARI, C.S.; FÉLIX, F.C.; CHAGAS, K.P.T. ISSR molecular markers for the study of the genetic diversity of Mimosa caesalpiniaefolia Benth. Idesia, v. 34, p. 47-52, 2016. => PDF

COSTA, D.F.; CHAGAS, K.P.T.; FAJARDO, C.G.; VIEIRA, F.A. Diversidade genética e seleção de iniciadores ISSR em uma população natural de mangaba (Hancornia speciosa Gomes) (Apocynaceae). Revista Brasileira de Fruticultura, v. 37, n. 4, p. 970-976, 2015. => PDF

CHAGAS, K.P.T. ; SOUSA, R.F.; FAJARDO, C.G.; VIEIRA, F.A. Seleção de marcadores ISSR e diversidade genética em uma população de Elaeis guineensis. Agrária, v. 10, p. 147-152, 2015. => PDF

VIEIRA, F.A.; SANTANA, J.A.S.; SANTOS, R.M.; FAJARDO, C.G.;…

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Fábio Vieira

Oct 26, 2020

FELIX, F.C.; CHAGAS, K.P.T.; FERRARI, C.S.; VIEIRA, F.A.; PACHECO, M.V. Applications of ISSR markers in studies of genetic diversity of Pityrocarpa moniliformis. Revista Caatinga, v. 33, p. 1017-1024, 2020. Resumo PDF

Fábio Vieira

17 de março de 2020

Número de iniciadores e locos de ISSR

Chagas (2018) revisou alguns trabalhos sobre diversidade genética de espécies florestais, analisadas por meio de marcadores ISSR, com o intuito de quantificar o Número de Iniciadores utilizados (Nº I); Número de Locos obtido (Nº L), entre outros.

Mediana:

Número de Iniciadores utilizados (Nº I): 10 iniciadores

Número de Locos obtidos (Nº L): 102 locos

K. P. T. das Chagas. Diversidade genética e modelagem preditiva de distribuição de Mimosa tenuiflora (Willd) Poiret. 2018. Mestrado em Ciências Florestais - Universidade Federal do Rio Grande do Norte. Buscar

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Fábio Vieira

Apr 15, 2020

Trabalhos com a participação de colaboradores do LabGeM que utilizaram ISSR:

CHAGAS, K. P. T.; FREIRE, A. S. M.; PINHEIRO, L. G.; FAJARDO, C. G.; VIEIRA, F. A. Genetic diversity of long-established populations of Elaeis guineensis Jacquin (Arecaceae). Revista Brasileira de Fruticultura, v. 41, p. e-023, 2019. => PDF

FREIRE, A.S.M.; FAJARDO, C.G.; CHAGAS, K.P.T.; PINHEIRO, L.G.; LUCAS, F.M.F.; VIEIRA, F.A. Genetic diversity in forest populations from conservation units in the Atlantic Rainforest in northeast Brazil. Revista Brasileira de Ciências Agrárias, v. 14, p. 1-7, 2019. => PDF

FAJARDO, C. G. et al. Genetic diversity in natural populations of Hancornia speciosa Gomes: implications for conservation of genetic resources. Ciênc. agrotec., v. 42, n. 6, p. 623-630, 2018. => PDF

FAJARDO, C.G.; SILVA, R.A.R.; CHAGAS, K.P.T.; VIEIRA, F.A. Genetic and phenotypic association of the carnauba palm tree evaluated by inter-simple sequence repeat and biometric traits. Genetics and Molecular Research, v. 17, p. 1-9, 2018. => PDF

PINHEIRO, L.G.; CHAGAS, K.P.T.; FREIRE, A.S.M.; FERREIRA, M.C.; FAJARDO, C.G.; VIEIRA, F.A. Anthropization as a determinant factor in the genetic structure of Copernicia prunifera (Arecaceae). Genetics and Molecular Research, v. 16, p. 1-14, 2017. => PDF

SILVA, R.A.R.; FAJARDO, C.G.; VIEIRA, F.A. Mating system and intrapopulational genetic diversity of Copernicia prunifera (Arecaceae): a native palm from Brazilian semiarid. Genetics and Molecular Research, v. 16, p. 1-12, 2017. => PDF

FAJARDO, C.G.; VIEIRA, F.A.; FELIX, L. P.; MOLINA, W.F. Negligence in the Atlantic forest, northern Brazil: a case study of an endangered orchid. Biodiversity and Conservation, p. 1-17, 2017. => PDF

VIEIRA, F.A.; SOUSA, R.F.; FAJARDO, C.G.; BRANDÃO, M.M. Increased relatedness among the neighboring plants from seedling to adult stages in carnaúba wax palm. Genetics and Molecular Research, v. 15, p. 1-10, 2016. => PDF

VIEIRA, F.A.; SOUSA, R.F.; SILVA, R.A.R.; FAJARDO, C.G.; MOLINA, W.F. Diversidade genética de Copernicia prunifera com o uso de marcadores moleculares ISSR. Agrária, v. 10, p. 525-531, 2015. => PDF

FAJARDO, C.G.; VIEIRA, F.A.; MOLINA, W.F. Interspecific genetic analysis of orchids in Brazil using molecular markers. Plant Systematics and Evolution, v. 300, p. 1825-1832, 2014. => PDF

DUARTE, J.F.; CARVALHO, D.; VIEIRA, F.A. Genetic conservation of Ficus bonijesulapensis R.M. Castro in a dry forest on limestone outcrops. Biochemical Systematics and Ecology, v. 59, p. 54-62, 2015. => PDF

BRANDÃO, M.M.; VIEIRA, F.A.; NAZARENO, A.G.; CARVALHO, D. Genetic diversity of neotropical tree Myrcia splendens (Myrtaceae) in a fragment-corridor system in the Atlantic rainforest. Flora, v. 216, p. 35-41, 2015. => PDF

BRANDÃO, M.M.; VIEIRA, F.A.; CARVALHO, D. Estrutura genética em microescala espacial de Myrcia splendens (Myrtaceae). Revista Árvore, v. 35, p. 957-964, 2011. => PDF

MELO JÚNIOR, A.F.; CARVALHO, D.; BRANDÃO, M.M.; SOUSA, L.G; VIEIRA, F.A.; MENEZES, E.V.; ROYO, V.A.; OLIVEIRA, D.A. Spatial genetic structure of Cavanillesia arborea K. Schum. (Malvaceae) in seasonally dry tropical forest: implications for conservation. Biochemical Systematics and Ecology, v. 58, p. 114-119, 2015. => PDF

Alguns outros trabalhos sobre seleção de marcadores ISSR: Seleção de marcadores - LabGeM

Fábio Vieira

3 de janeiro de 2020

Problemas na extração de DNA de plantas

Leituras recomendadas:

DA SILVA, Márcia Nara. Extração de DNA genômico de tecidos foliares maduros de espécies nativas do cerrado. Revista Árvore, v. 34, n. 6, p. 973-978, 2010.

ENCONTRADOS, SOLUÇÕES PARA PROBLEMAS COMUMENTE. Extração de DNA de plantas. MELANCIA SEM SEMENTES, p. 40.

Veja a Tabela 1 do trabalho de Romano & Brasileiro (1999): "Problemas comumente encontrados durante o isolamento de DNA de plantas; possíveis causas e soluções"

ROMANO, E.; BRASILEIRO, A. C. M. Extração de DNA de plantas. Biotecnologia, v. 2, n. 9, p. 40-43, 1999. Link.

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Fábio Vieira

Nov 26, 2020

Extração do DNA de folhas, caule ou raízes?

A qualidade do DNA extraído é fundamental para a execução das análises moleculares dos estudos de genéticos.

Muitas vezes é necessário ajuste da metodologia para a espécie alvo do estudo, pois nem sempre o tecido vegetal utilizado e o método de extração de DNA se aplicam à espécie de interesse.

Entre os ajustes, citam-se a escolha do tecido vegetal que será macerado para obter o DNA (tecido foliar, de caule ou raízes) e o método de extração ideal para obtenção de DNA com alta qualidade.

Uma forma de estimar a qualidade do DNA é a espectrofotometria, obtendo-se o grau de pureza pela razão entre as absorbâncias a 260 nm e 280 nm (A260/A280).

Com base na concentração do DNA e nível de pureza, Abidã Gênesis recomendou a utilização da folha para estudos moleculares do catolé (Syagrus cearensis). Ele observou também que o uso de tecido caulinar se mostra propício, visto os elevados índices de pureza mensurados.

Fábio Vieira

17 de dezembro de 2019

Comparação entre os marcadores moleculares de DNA mais utilizados

Nadeem et al. (2018) apresentaram uma revisão onde conceituam marcadores genéticos e apresentam as aplicações, vantagens e desvantagens das duas categorias de marcadores genéticos:

- Marcadores clássicos (morfológicos, citológicos, isoenzimas)

- Marcadores moleculares de DNA (RAPD, ISSR, SSRs, etc.)

Apresentam também algumas características dos marcadores moleculares mais utilizados: